《中国应用生理学杂志》以促进科研，面向应用，加强我国经济建设、国防建设为宗旨。刊登军事医学研究、特殊环境生理学（特别是高原、寒区、热区生理学，航空、航天、航海与水下生理学以及各种物理和化学等环境因素所致的生理学问题），劳动、运动与训练生理学和与应用生理相关的基础生理学等方面的内容。近年来应广大作者的强烈要求，期刊增加了临床生理学和高技术方面的论文。

 期刊内设3个专栏：研究论文、技术方法和研究简报。

 本刊为中文核心期刊（中文核心期刊要目总览（2017版）），国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊），同时被国内外多个科技期刊检索系统或数据库收录，如中国知网、万方数据、维普网、博看网、《中国科学引文数据库》，中国学术期刊文摘和美国史蒂芬斯全文数据库（EBSCO host），美国化学文摘（CA）、美国国立医学图书馆（MEDLINE/PubMed）、荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus) ，世界卫生组织西太平洋地区医学索引等。期刊国际个人读者分布世界30多个国家，并得到哈佛大学、耶鲁大学等国际知名大学和国家图书馆的认可。